Bảo tàng này được thành lập ngày 4 tháng 9 năm 1975 với tên gọi “Nhà trưng bày tội ác Mỹ–ngụy”. Ngày 10 tháng 11 năm 1990 đổi tên thành “Nhà trưng bày tội ác chiến tranh xâm lược”. Đến ngày 4 tháng 7 năm 1995, bảo tàng này lại đổi tên thành “Bảo tàng Chứng tích chiến tranh” như ngày nay.

Bảo tàng Chứng tích chiến tranh trưng bày một số hiện vật, hình ảnh trong Chiến tranh Việt Nam với các chủ đề: lính Mỹ tàn sát, tra tấn, tù đày dân, rải chất độc hóa học, rải bom phá hoại miền Bắc. Các hiện vật như máy bay, đại bác, xe tăng, máy chém và hai ngăn “chuồng cọp” được xây dựng đúng kích thước như ở nhà tù Côn Đảo.

Có các phòng trưng bày về: Chiến tranh biên giới Tây Nam, Chiến tranh bảo vệ biên giới phía Bắc, vấn đề quần đảo Trường Sa…

Bên ngoài, bảo tàng có những gian hàng trưng bày, giới thiệu sản phẩm văn hóa dân tộc Việt Nam, múa rối nước Việt Nam